NUSIKALTIMAI ŽMONIŠKUMUI.
NUSIKALSTAMOS VEIKOS ASMENS LYGIATEISIŠKUMUI IR SĄŽINĖS LAISVEI
1992 m. balandžio 9 d. įsigaliojus įstatymui „Dėl atsakomybės už Lietuvos gyventojų genocidą” ir Lietuvos Respublikos įstatymų leidėjui pirmą kartą nustačius senaties terminų nesaistomą patraukimą baudžiamojon atsakomybėn už labai sunkių nusikaltimų žmoniškumui padarymą, prokuratūra tapo vienintelė procesinė institucija šalyje, turėjusi teisę atlikti parengtinį tardymą baudžiamosiose bylose dėl genocido, vykdyto Lietuvoje sovietų ir nacių okupacijų laikotarpiais.
Nuo 2003 m. gegužės 1 d. įsigaliojus naujiems Lietuvos Respublikos baudžiamojo proceso ir baudžiamajam kodeksams, prokuratūra vadovauja visų, taip pat ir paminėto pobūdžio nusikalstamų veikų ikiteisminiam tyrimui, prokurorai taip pat turi procesinę teisę betarpiškai atlikti ir atlieka minėtos kategorijos nusikalstamų veikų ikiteisminį tyrimą.
Pagrindinę nusikaltimų žmoniškumui, įskaitant genocidą, ir karo nusikaltimų, o taip pat nusikalstamų veikų asmens lygiateisiškumui ir sąžinės laisvei (diskriminavimo, neapykantos kurstymo dėl žmogaus tautybės, rasės, seksualinės orientacijos, kilmės, tikėjimo ir kitokios įstatyme numatytos grupinės priklausomybės, taip pat dėl trukdymo atlikti religines apeigas ar iškilmes) ikiteisminio tyrimo, jo kontrolės ir koordinavimo, metodinio vadovavimo, taip pat okupacijų laikotarpiais represuotų asmenų teisių atkūrimo funkciją Lietuvoje atliko Generalinės prokuratūros Specialiųjų tyrimų skyrius, įkurtas 1991 m. spalio 23 d. Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos – Atkuriamojo Seimo Prezidiumo nutarimo pagrindu kaip atskiras Generalinės prokuratūros struktūrinis padalinys.
Optimizuojant Generalinės prokuratūros struktūrą ir funkcijas, nuo 2011 m. sausio 17 d. Generalinės prokuratūros Specialiųjų tyrimų skyrius panaikintas. Nusikaltimų žmoniškumui ir karo nusikaltimų, nusikalstamų veikų asmens lygiateisiškumui ir sąžinės laisvei ikiteisminių tyrimų koordinavimo, jo praktikos formavimo ir metodinio vadovavimo, taip pat kitos buvusios Specialiųjų tyrimų skyriaus funkcijos (okupacijų laikotarpiais represuotų asmenų teisių atkūrimo, išvežimo priverstiniams darbams klausimais) perduotos Generalinės prokuratūros Baudžiamojo persekiojimo departamentui (atsakingas prokuroras Rimvydas Valentukevičius).
BAUDŽIAMOSIOS BYLOS DĖL NUSIKALTIMŲ ŽMONIŠKUMUI IR KARO NUSIKALTIMŲ PERDUOTOS TEISMAMS
METODINĖS REKOMENDACIJOS
DĖL NUSIKALSTAMŲ VEIKŲ, PADARYTŲ RASINIAIS, NACIONALISTINIAIS, KSENOFOBINIAIS, HOMOFOBINIAIS AR KITAIS DISKRIMINACINIO POBŪDŽIO MOTYVAIS, IKITEISMINIO TYRIMO ORGANIZAVIMO, VADOVAVIMO JAM IR ATLIKIMO YPATUMŲ 
(Parengė Specialiųjų tyrimų skyriaus vyriausiasis prokuroras R. Valentukevičius, 2009-12-23)
Archyvas:
ATASKAITOS
Specialiųjų tyrimų skyriaus veiklos 2010 metais ataskaita
Specialiųjų tyrimų skyriaus veiklos 2009 metais ataskaita
Specialiųjų tyrimų skyriaus veiklos 2008 metais ataskaita
Specialiųjų tyrimų skyriaus veiklos 2007 metais ataskaita
Specialiųjų tyrimų skyriaus veiklos 2006 metais ataskaita
Specialiųjų tyrimų skyriaus 2005 metų veiklos ataskaita
Specialiųjų tyrimų skyriaus 2004 metų veiklos ataskaita